1樓：
轉錄因子 基因轉錄有正調控和負調控之分。如細菌基因的負調控機制是當一種阻遏蛋白(repressor protein)結合在受調控的基因上時，基因不表達；而從靶基因上去除阻遏蛋白後，rna聚合酶識別受調控基因的啟動子，使基因得以表達，這是正調控。這種阻遏蛋白是反式作用因子。
而順式作用因子則指的是基因上與反式作用因子結合的對基因表達起調控作用的基因序列。
轉錄因子(transcription factor)是起正調控作用的反式作用因子。轉錄因子是轉錄起始過程中rna聚合酶所需的輔助因子。真核生物基因在無轉錄因子時處於不表達狀態，rna聚合酶自身無法啟動基因轉錄，只有當轉錄因子(蛋白質)結合在其識別的dna序列上後，基因才開始表達。
轉錄因子的結合位點（transcription factor binding site，tfbs）是轉錄因子調節基因表達時，與mrna結合的區域。按照常識，轉錄因子（transcription factor，tf）的結合位點一般應該分佈在基因的前端，但是，新的研究發現，人21和22號染色體上，只有22％的轉錄因子結合位點分佈在蛋白編碼基因的5'端。
真核生物在轉錄時往往需要多種蛋白質因子的協助。一種蛋白質是不是轉錄機構的一部分往往是通過體外系統看它是否是轉錄起始所必須的。一般可將這些轉錄所需的蛋白質分為三大類：
(1)rna聚合酶的亞基，它們是轉錄必須的，但並不對某一啟動子有特異性。
(2)某些轉錄因子能與rna聚合酶結合形成起始複合物，但不組成遊離聚合酶的成分。這些因子可能是所有啟動子起始轉錄所必須的。但亦可能僅是譬如說轉錄終止所必須的。
但是，在這一類因子中，要嚴格區分開哪些是rna聚合酶的亞基，哪些僅是輔助因子，是很困難的。
(3)某些轉錄因子僅與其靶啟動子中的特異順序結合。如果這些順序存在於啟動子中，則這些順序因子是一般轉錄機構的一部分。如果這些順序僅存在於某些種類的啟動子中，則識別這些順序的因子也只是在這些特異啟動子上起始轉錄必須的。
黑腹果蠅的rna聚合酶需要至少兩個轉錄因子方能在體外起始轉錄。其中一個是b因子，它與含tata盒的部位結合。人的因子tfⅱd亦和類似的部位結合。
同樣，ctf(caat結合因子)則與腺病毒的主要晚期啟動子中與caat盒同源的部位相結合。結合在上游區的另一個轉錄因子是usf(亦稱mltf)，則可以識別腺病毒晚期啟動子中靠近-55的順序。轉錄因子sp1則能和gc盒相結合。
在sc40啟動子中有多個gc盒，位於-70到-110之間。它們均能和sp1相結合。然而含有gc盒的不同的dna順序與sp1的親和力卻各不相同。
可見gc盒兩側的順序對sp1-gc盒的結合究竟如何能影響轉錄。有時候需要幾個轉錄因子才能起始轉錄。例如胞苷激酶的啟動子需要sp1與gc盒結合和ctf與caat盒結合;腺病毒晚期啟動子需要tfⅱd與tata盒結合和usf與其鄰近部位相結合。
以上所述的因子是一般轉錄都需要的，似乎並沒有什麼調節功能。另一些轉錄因子則可以調控一組特殊基因的轉錄。熱休克基因就是一個很好的例子。
真核生物的熱休克基因在轉錄起始點的上游15bp處有一個共同順序。hstf因子僅在熱休克細胞中有活性。它與包括熱休克共同順序在內的一段dna相結合，所以這個因子的啟用可以引起約包括20個基因的一組基因起始轉錄。
在這裡，轉錄因子和rna聚合酶ⅱ之間關係很類似細菌的σ因子與核心酶之間的關係。
轉錄因子是一種具有特殊結構、行使調控基因表達功能的蛋白質分子，也稱為反式作用因子。植物中的轉錄因子分為二種，一種是非特異性轉錄因子，它們非選擇性地調控基因的轉錄表達，如大麥 (hordeum vulgare) 中的hvcbf2 (c-repeat/dre binding factor 2) (xue et al., 2003)。
還有一種稱為特異型轉錄因子，它們能夠選擇性調控某種或某些基因的轉錄表達。典型的轉錄因子含有dna結合區 (dna-binding domain)、轉錄調控區 (activation domain)、寡聚化位點(oligomerization site) 以及核定位訊號 (nuclear localization signal) 等功能區域。這些功能區域決定轉錄因子的功能和特性 (liu et al.
, 1999)。dna結合區帶共性的結構主要有：1）hth 和 hlh 結構：
由兩段α-螺旋夾一段β-摺疊構成，α-螺旋與β-摺疊之間通過β-轉角或成環連線，即螺旋-轉角-螺旋結構和螺旋-環-螺旋結構。2）鋅指結構： 多見於 tfiii a 和類固醇激素受體中，由一段富含半胱氨酸的多肽鏈構成。
每四個半光氨酸殘基或組氨酸殘基螯合一分子 zn2+ ，其餘約 12-13 個殘基則呈指樣突出，剛好能嵌入 dna 雙螺旋的大溝中而與之相結合。3）亮氨酸拉鍊結構：多見於真核生物 dna 結合蛋白的 c 端，與癌基因表達調控有關。
由兩段α - 螺旋平行排列構成，其α - 螺旋中存在每隔 7 個殘基規律性排列的亮氨酸殘基，亮氨酸側鏈交替排列而呈拉鍊狀，兩條肽鏈呈鉗狀與 dna 相結合。
同一家族的轉錄因子之間的區別主要在轉錄調控區。
轉錄調控區包括轉錄啟用區 (transcription activation domain) 和轉錄抑制區 (transcription repression domain) 二種。近年來，轉錄的啟用區被深入研究。它們一般包含dna結合區之外的30-100個氨基酸殘基，有時一個轉錄因子包含不止一個轉錄啟用區。
如控制植物儲藏蛋白基因表達的vp1和pvalf轉錄因子，它們的n-末端酸性氨基酸保守序列都具有轉錄啟用能力，與酵母轉錄因子gcn4和病毒轉錄因子的vp16的酸性氨基酸轉錄啟用區有較高同源性 (bobb et al., 1996)。典型的植物轉錄因子啟用區一般富含酸性氨基酸、脯氨酸或谷氨醯胺等，如gbf (g-box binding factor) 含有的gcb盒 (gbf conserved box) 啟用結構域 (lunwen114 and bevan, 1998)。
轉錄抑制區也是轉錄因子調控表達的重要位點，但是對其作用機理研究尚不深入。可能的作用方式有三種：1）與啟動子的調控位點結合，阻止其它轉錄因子的結合；2）作用於其它轉錄因子，抑制其它因子的作用；3）通過改變dna的高階結構阻止轉錄的發生。
轉錄因子必須在核內作用，才能起到調控表達的目的。因此，轉錄因子上的核定位序列是其重要的組成部分。一般一個或多個核定位序列在轉錄因子中不規則分佈，同時也存在不含核定位序列的轉錄因子，它們通過結合到其它轉錄因子上進入細胞核。
核定位序列一般是轉錄因子中富含精氨酸和賴氨酸殘基的區段。目前，水稻中的gt-2、西紅柿中的hsfa1-2、玉米的o2和碗豆的ps-iaa4和6等轉錄因子中的核定位序列都已被鑑定 (boulikas, 1994; dehesh et al., 1995; lyck et al.
, 1997; varagona et al., 1992; abel and theologis, 1995)。
絕大多數轉錄因子結合 dna前需通過蛋白質-蛋白質相互作用形成二聚體或多聚體。所謂二聚體化就是指兩分子單體通過一定的結構域結合成二聚體，它是轉錄因子結合dna時最常見的形式。由同種分子形成的二聚體稱同二聚體，異種分子間形成的二聚體稱異二聚體。
這種多聚體的形成是轉錄因子上的寡聚化位點 (oligomerization site) 相互作用的結果，寡聚化位點的氨基酸序列很保守，大多與dna結合區相連並形成一定的空間構象。除二聚化或多聚化反應，還有一些調節蛋白不能直接結合dna，而是通過蛋白質－蛋白質相互作用間接結合dna，調節基因轉錄，這樣就形成了一個表達調控的複合物。
轉錄因子的作用是通過和順式因子的互作來實現的。這段序列可以和轉錄因子的dna結合域實現共價結合，從而對基因的表達起抑制或增強的作用。
2樓：
你是說σ因子嗎？它是個蛋白，是由染色體編碼的蛋白質，由核糖體產生的。
3樓：匿名使用者
轉錄因子都是蛋白質，由基因指導其合成。問題的關鍵在於第一個轉錄因子**來
至於這個問題，頗有爭議，一般的見解就是最開始出現的生命物質是rna，而不是dna，所以rna直接變為蛋白質，而不用轉錄這一步驟。
怎麼用encode來查詢轉錄因子下游基因
4樓：匿名使用者
轉錄因子一半都結合在被調控基因的promoter區域，可以做一個chip-seq實驗，然後在基因組資料庫中定位這些與該轉錄因子結合的dna區域.
那麼這些區域的下游附近的基因就很可能是受該轉錄因子調控的基因。
然後在針對這些疑似基因做轉錄因子ko之後的該基因mrna水平檢測（realtimepcr）確定是否受其調控。
真核生物的轉錄因子有哪些功能區域
5樓：楊風遊
真核生物基因表達是一個十分複雜而有序的過程，它是眾多的反式因子和順式作用元件之間相互作用的結果。基因的表達在各個層次上都受到精密的調控(包括染色體結構、轉錄、轉錄後、翻譯和翻譯後加工等水平的調控)；轉錄水平的調控發生在基因表達的初期階段，是很多基因表達調控的主要方式之一。所謂轉錄水平的調控是指一類稱為轉錄因子(transcription factor，tf)的蛋白質特異地結合到靶基因調控區的順式作用元件上，或調節基因表達的強度，或控制靶基因的時空特異性表達，或應答外界刺激和環境脅迫。
真核細胞rna聚合酶自身對啟動子並無特殊親和力，單獨不能進行轉錄，也就是說基因是無活性的。因此，轉錄需要眾多的轉錄因子和輔助轉錄因子形成複雜的轉錄裝置。轉錄因子可以調控某些疾病相關基因轉錄水平，所以它可能成為潛在的**工具。
1 轉錄因子的結構
轉錄因子一般包括3個主要功能域，即dna特定序列結合域、轉錄活化的結構域及蛋白質與蛋白質之間的調節結構域。另外，還有一些轉錄因子具有轉錄後調節結構域，如二聚化結構域和磷酸化位點，二聚體的形成對它們行使功能具有重要意義。轉錄因子與轉錄共啟用子或轉錄共抑制子結合形成複合物，並與染色質上特異的dna序列結合而發揮作用。
一些小化學分子可以影響轉錄因子的二聚化作用或影響轉錄因子與dna分子的結合，因此它們可以調節轉錄因子介導的基因表達調控。
1.1 dna結合域
dna結合蛋白髮揮其轉錄調控功能的首要條件之一是必須有與dna序列特異結合的結構，其核心成分為dna結合基序，它們可識別雙螺旋dna的鹼基序列，與靶位點專一性結合。dna結合域多由60個～100/個氨基酸殘基組成的幾個亞基組成。在dna結合域的結構基序中，鋅指結構、螺旋-突環-螺旋和亮氨酸拉鍊區最為普遺，約佔已知轉錄因子的80%左右。
l.1.1 鋅指結構 鋅指結構(zinc finger motif)由大約30個氨基酸殘基組成，其中含有兩個半胱氨酸和兩個組氨酸殘基，這4個氨基酸與鋅離子絡合而形成穩定的指狀結構。
非洲爪蟾中由rna聚合酶ⅲ催化的5 s rrna基因轉錄的轉錄因子tfⅲa(transcription factorⅲ a)，是由344個氨基酸殘基組成的第一個被發現的鋅指蛋白。此後相繼證實許多真核轉錄因子中存在鋅指結構，但不同蛋白所含鋅指結構的數量差異很大。
1.1.2 螺旋-轉角-螺旋結構基序 螺旋-轉角-螺旋結構基序(heilix-turn-helix，hth)最初發現於研究真核細胞降解物基因活化蛋白cap和噬菌體cro阻遏物的過程中，是最簡單的結構基序之一。
果蠅同源異型基因編碼的同源異型域(homeodomain，hd)蛋白是真核細胞中第一個被證實的螺旋-轉角-螺旋蛋白，含hd結構的蛋白存在於從酵母到人幾乎所有的真核細胞中。
1.1.3 螺旋-突環-螺旋結構基序 螺旋-突環-螺旋型dna結合蛋白最近年來發現的一種新型dna結合蛋白，如上游刺激因子是一種具有螺旋-突環螺旋基元的dna結合蛋白，最初證明是腺病毒晚期基因的轉錄因子，後來發現在其他病毒和一些真核基因中也存在該結合位點。
1.1.4 亮氨酸拉鍊結構基序 在拉鍊區的氨基酸有30個殘基的序列富含賴氨酸(1ysine，lys)和精氨酸(arginine ,arg)，是與dna結合的鹼性區域。
因此亮氨酸拉鍊區的作用是將其自身的一對二聚體蛋白分子拉在一起，以便結合兩個相鄰dna序列。含亮氨酸拉鍊的轉錄因子包括ap-1、fos、jun、c/ebp和creb。這些蛋白都通過亮氨酸拉鍊結構形成同種或異種二聚體，產生具有不同功能的特異轉錄因子而在轉錄調控中起作用。
l.2 dna啟用域
這是與其他轉錄因子相互作用的結構成分，可控制前起始複合物的組裝與轉錄起始。同一家族轉錄因子的可變區通常發生在啟用功能域，通過可變區順序的變異擴大調節範圍。轉錄因子啟用功能域主要有以下幾種型別。
1.2.1 酸性功能域 該啟用功能域含有較多酸性氨基酸(如天冬氨酸和穀氨酸)並能形成親脂性α螺旋，是較常見的一種啟用域。
在糖皮質激素受體和ap-l/jun轉錄因子中含有此種機構。
1.2.2 富含谷氨醯胺功能域 此結構首先發現於轉錄因子spl。其結構特點是含約25%谷氨醯胺，主要出現在同源異形功能域或pou類轉錄因子中。
1.2.3 富含脯氨酸功能域 此區域含20%～30%脯氨酸，脯氨酸是一種亞氨酸，可妨礙α螺旋的形成。這種結構在轉錄因子中較少見。
除具有dna啟用域外，有相當部分真核生物
轉錄因子具有獨立的DNA結合和轉錄啟用結構域對麼
轉錄因子結構可包含有不同區域 dna結合域 dna binding domain 多由60 100個氨基酸殘基組成的幾個亞區組成 轉錄啟用域 activating domain 常由30 100氨基酸殘基組成，這結構域有富含酸性氨基酸 富含谷氨醯胺 富含脯氨酸等不同種類，一酸性結構域最多見 連線區，...
如何確定某個基因是否為轉錄因子，如何證明某個基因受轉錄因子的直接調控，簡述實驗設計
翰林學庫 dof轉錄因子家族在植物生長髮育和基因表達調控過程中具有重要的作用,本文利用公佈的玉米基因組草圖資料,利用生物資訊學方法對玉米全基因組dof基因的結構 系統進化關係和保守motif進行了分析。結果表明 玉米中共有18個dof型別基因,命名為zmdof1 zmdof18,其蛋白質長度在211...
簡述rna轉錄後的成熟方式，簡述rna轉錄的過程，求解
聽風 一.mrna 1 首尾的修飾 5 端修飾時加m7gpppn帽子結構,在核內完成.3 端修飾時加上多聚腺苷酸尾巴 polyaaaaaaa 在核內完成.2 mrna的剪接 從dna模板鏈轉錄出的最初轉錄產物中除去內含子,並將外顯子連線起來形成一個連續的rna分子的過程.3 mrna編輯 rna編輯...