如何篩選靶基因的mirna,如何篩選一個靶基因的mirna

時間 2021-08-30 11:15:18

1樓:萊特資訊科技****

利用各種生物資訊學方法和實驗方法來尋找mirna的靶基因。,鑑定mirna靶基因的最常用方法是依賴計算機演算法,如targetscan、miranda和pictar。它們**mirna種子區的結合。

種子區(seed region)指的是mirna上進化最為保守的片段,從第2個到第8個核苷酸,通常與mrna 3』-utr上的靶位點完全互補。

2樓:匿名使用者

目前更先進的方法是通過紫外線照射以交聯複合物,然後開展深度測序以鑑定發現的rna,這種方法被稱為紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序(hits-clip),或clip-seq。利用這種方法來尋找mirna的靶基因,能夠明顯降低mirna結合位點的假陽性**率,並且縮小mirna結合位點的空間範圍,可在全基因組範圍內鑑定ago蛋白與不同rna上的結合。現在有多家公司提供clip-seq服務,如銳博生物。

clontech公司(takara旗下)也推出了一種新工具,能協助鑑定細胞中的mirna靶點。這一工具名為mirtrap系統。它利用risc蛋白的顯性失活突變體,允許mirna與其目標結合,但限制進一步的加工。

此亞基整合到內源的argonaute/risc複合物中,並「鎖定」mirna-目標mrna。顯性失活亞基上的dykddddk(flag表位)標籤有助於整個ago/risc複合物的捕獲和分離。這樣就能實現mirna及其目標的免疫沉澱,從而通過新一代測序或定量pcr來鑑定或定量。

如何**和鑑定mirna的靶基因

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