SSR的重複序列,SSR標記的分類

時間 2023-01-17 06:10:02

1樓:恰恰聖誕

目前發現的串聯重複序列主要有兩類:

一類是由功能基因組成的(如rrna和組蛋白基因);

另一類是由無功能的序列組成的。根據重複序列的重複單位的長度,可將串聯重複序列分為衛星dna、微衛星dna、小衛星dna等〔3〕。微衛星dna又叫簡單重複序列,指的是基因組中由1~6個核苷酸組成的基本單位重複多次構成的一段dna,廣泛分佈於基因組的不同位置,長度一般在200bp以下。

研究表明,微衛星在真核生物的基因組中的含量非常豐富,而且常常是隨機分佈於核dna中〔15,38〕。在植物中通過對擬南芥〔7〕、玉米〔35〕、水稻〔11〕、小麥〔28,32,33〕等的研究表明微衛星在植物中也很豐富,均勻分佈於整個植物基因組中,但不同植物中微衛星出現的頻率變化是非常大的,如在主要的農作物中兩種最普遍的二核苷酸重複單位(ac)n和(ga)n在水稻、小麥、玉米、菸草中的數量分佈頻率是不同的。在小麥中估計有3000個(ac)n序列重複和約6000個(ga)n序列重複,兩個重複之間的距離平均分別為704kb、440kb〔32,33〕,而在水稻中,(ac)n序列重複約有1000個左右,(ga)n重複約有2000個,重複之間的平均距離分別為450kb、225kb〔41〕。

另外在植物中也發現一些三核苷酸和四核苷酸的重複,其中最常見的是(aag)n、(aat)n〔15〕。在單子葉和雙子葉植物中ssr數量和分佈也有差異,平均分別為和21.

2kb中有一個ssr。研究還發現,單核苷酸及二核苷酸重複型別的ssr主要位於非編碼區,而有部分三核苷酸型別位於編碼區。另外在葉綠體基因組中,目前也報道了一些微衛星,以a/t序列重複為主〔3〕。

如何用python指令碼實現查詢cds序列中的ssr序列(簡單重複序列),並輸出ssr序列? 15

ssr就是oligos嗎?簡單重複序列就是寡聚核苷酸序列嗎?寡核苷酸熒光原位雜交就是ssr-fish嗎?

2樓:糟油酒丸

這兩個概念不一樣。oligo或者說是寡聚核苷酸不帶有重複的意思。oligo的定義基於20個鹼基以下,是說這個核苷酸分子就這麼長,而對這個核苷酸的序列沒有任何限定。

而ssr,即簡單重複序列,是說這個序列含有重複相鄰排列的核苷酸,這個序列可以存在於一個更長的核苷酸長鏈之中,ssr不是描述一個單獨的分子。如果舉個例子,就好比「小布條」與「千鳥紋」都是布料方面的概念,但是它們描述的是完全不同的性質。一個小布條上的花紋可以是千鳥紋,而千鳥紋的布料也可以裁成小步條。

呃,這樣說不知道明白嗎?

原位雜交一般需要用到特定序列的oilgos作為探針,而ssr-fish應是指這個探針識別的是具有ssr特徵的序列。

3樓:匿名使用者

ssr和寡聚核苷酸不是一個概念吧。

ssr標記的介紹

英語ssr是什麼意思?

4樓:加油奮鬥再加油

ssrabbr.

soviet socialist republic 蘇維埃社會主義共和國。

ssr分子標記的原理

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