第三代測序成本偏高是什麼原因導致的

時間 2021-08-11 17:57:02

1樓:老安如月

我認為許多人錯誤的認為三代測序pacbio的危害是,通量不足。如果通量不是一個限制因素,pacbio是目前最準確的方法:測序錯誤率可以無限接近的罕見突變的發生率(即,它是不可能區分排序錯誤或罕見的突變)。

因為三代錯誤完全是隨機的,可以通過覆蓋率來校正,如果系統出錯,就無法糾正。

目前,改善三代通量的方法有多種。

先從最基本的說,硬體升級。這是直接提高硬體短板規格的最直接有效的方法。但那是最不可能的。

因為任何升級短板硬體,都有音序器硬體和耗材。根據目前pacbio公司的財務報表,它尚未實現盈利。

相反,illumina pacbio有硬體上的一個非常小的利潤。據業內人士估計,illumina的成本估計約為6 ~ 10美元每單位(零售價加0)。pacbio的銷售**略高於公司,但成本比鐳射光和感光元件高几倍。

還有的就是,提高載入速率。主要的難點是建築物和樣品的優化。提高聚合酶鏈反應並保持準確性。

這是當前pacbio的主要努力。每個細胞5w序列,然後如果10kb長度平均讀長,輸出為5 x 10 ^ 8,即500m資料。增加15kb 750米。

目前,在p6c4試劑,大約每smrt細胞可以達到600m到1g資料流量,和個人使用者實現2g(這是dna的提取及資料庫優化)。

2樓:偶就si天然呆

第三代測序技術原理主要分為兩大技術陣營:

第一大陣營是單分子熒光測序,代表性的技術為美國螺旋生物(helicos)的sms技術和美國太平洋生物(pacific bioscience)的smrt技術。脫氧核苷酸用熒游標記,顯微鏡可以實時記錄熒光的強度變化。當熒游標記的脫氧核苷酸被摻入dna鏈的時候,它的熒光就同時能在dna鏈上探測到。

當它與dna鍊形成化學鍵的時候,它的熒光基團就被dna聚合酶切除,熒光消失。這種熒游標記的脫氧核苷酸不會影響dna聚合酶的活性,並且在熒光被切除之後,合成的dna鏈和天然的dna鏈完全一樣。

第二大陣營為奈米孔測序,代表性的公司為英國牛津奈米孔公司。新型奈米孔測序法(nanopore sequencing)是採用電泳技術,藉助電泳驅動單個分子逐一通過奈米孔 來實現測序的。由於奈米孔的直徑非常細小,僅允許單個核酸聚合物通過,而atcg單個鹼基的帶電性質不一樣,通過電訊號的差異就能檢測出通過的鹼基類別,從而實現測序。

目前,有幾種方法可以提高三代的質量:升級硬體。

這是最直接和最有效的,直接提高了那些硬體短板的規格。

但這也是最不可能的。

由於升級了所有的硬體,所以需要消耗整個測序器的硬體。

目前,pacbio並沒有盈利。

與illumina公司相比,pacbio在硬體上的利潤率很低。

據業內人士估計,照明的成本大約在100000美元,pacbio**略高於照明,但高成本幾倍,鐳射光路和感測器。

建立和優化樣本是一個主要困難。

這三代測序技術的特點比較彙總在以下中。其中測序成本,讀長和通量是評估該測序技術先進與否的三個重要指標。

第一代和第二代測序技術除了通量和成本上的差異之外,其測序核心原理(除solid是邊連線邊測序之外)都是基於邊合成邊測序的思想。第二代測序技術的優點是成本較之一代大大下降,通量大大提升,但缺點是所引入pcr過程會在一定程度上增加測序的錯誤率,並且具有系統偏向性,同時讀長也比較短。第三代測序技術是為了解決第二代所存在的缺點而開發的,它的根本特點是單分子測序,不需要任何pcr的過程,這是為了能有效避免因pcr偏向性而導致的系統錯誤,同時提高讀長,並要保持二代技術的高通量。

第二代測序技術和第三代測序技術的區別是什麼

3樓:土豆檸檬絲

測序的時候是不是單分子 是第二代測序和第三代測序區分的關鍵點。

比如依二代測序illumina平臺為例,在測序之前為增強訊號,需要成簇反應,即將一條dna擴增成一簇,pacbio三代測序為對單分子直接進行測序。

第三代基因測序好嗎,哪一個公司中國做的比較好?

4樓:北方天空

現在第三代測序儀做的最好的是pacbio儀器(現在已經被illumina收購了),國內也有一些公司使用的pacbio,比如希望組,目前三代測序儀主要用於微生物領域測序,在人測序這一塊大家還是比較信任二代測序的,但是三代測序讀長比較長和測序速度更快,很有發展前途!

什麼是第三代基因測序技術

5樓:匿名使用者

第三複代基因測序技術即基於制奈米孔的單分子讀取技bai術 在奈米孔測序技術中,

dudna分子依靠核酸

zhi外切酶以一次一個鹼基dao的速度通過小孔。這個酶能清楚地區分出4個dna鹼基編碼:a、c、g、t,也可以檢測出該鹼基是否被甲基化,一個單孔能在大約70天左右測定一個完整的基因序列。

奈米孔技術不需要熒游標記物並且很可能不需要進行擴增,能直接並快速「讀」出dna,同時足夠廉價,使進行大量重複實驗成為可能。 奈米孔公司已經研發出包含幾百個奈米孔的晶片,該晶片可以用在一臺機器上,快速且廉價地給大量dna進行排序。

第三代測序技術的第三代測序技術原理

6樓:傷逝琯

第三代測序技術

抄原理主要分為兩大技術陣營:

第一大陣營是單分子熒光測序,代表性的技術為美國螺旋生物(helicos)的sms技術和美國太平洋生物(pacific bioscience)的smrt技術。脫氧核苷酸用熒游標記,顯微鏡可以實時記錄熒光的強度變化。當熒游標記的脫氧核苷酸被摻入dna鏈的時候,它的熒光就同時能在dna鏈上探測到。

當它與dna鍊形成化學鍵的時候,它的熒光基團就被dna聚合酶切除,熒光消失。這種熒游標記的脫氧核苷酸不會影響dna聚合酶的活性,並且在熒光被切除之後,合成的dna鏈和天然的dna鏈完全一樣。

第二大陣營為奈米孔測序,代表性的公司為英國牛津奈米孔公司。新型奈米孔測序法(nanopore sequencing)是採用電泳技術,藉助電泳驅動單個分子逐一通過奈米孔 來實現測序的。由於奈米孔的直徑非常細小,僅允許單個核酸聚合物通過,而atcg單個鹼基的帶電性質不一樣,通過電訊號的差異就能檢測出通過的鹼基類別,從而實現測序。

第三代測序技術的第三代測序技術解決關鍵技術

dna 的 1代測序,2代測序,3代測序的區別是什麼啊?

7樓:垠元

第一代測序:指雙脫氧末端終止法,擴增後通過毛細管電泳讀取序列,每次獲取資料量少。

第二代測序:為高通量測序,採用微珠或高密度晶片邊合成邊測序,代表有454,solexa,solid,高通量,可一次獲得數g資料,相對與第三代,都仍然需要擴增的方法放大訊號,擴增後再檢測。

第三代測序:特點是單分子測序,多基於奈米科技,無需擴增,對單分鏈dna/rna直接用合成、降解、通過奈米孔等方式直接測序,核心特點是無需擴增所以成本更低。

8樓:匿名使用者

你說的1代2代指的是子代1代,2代嗎?原本的雙鏈dna就是親代,以親本為模板複製產生的子代dna就是子1代,子2代.....

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