實時定量PCR縱座標log2 fold 是什麼意思

時間 2021-07-12 17:40:30

1樓:

是一樣的,所謂的實時就是在儀器上可以隨時觀察pcr產物的擴增的情況。一般也叫實時定量pcr

2樓:魔界雲影

因為dna是半保留複製的,所以其數量的增長必然是類似於以時間為自變數以2為底的指數函式

log2(fold)就是以2為底的對數函式至於fold可能是指"一半"的意思

我沒學過..以上只是合理的演繹邏輯....覺得合理就採納吧

3樓:乘龍

1樓不要亂答。

實時定量pcr是測量pcr產物多少的,跟什麼dna半保留複製沒有關係。

fold指「倍數」,比如pcr產物是原來的2倍,那麼fold=2,log2(fold)=1;4倍,那麼fold=4,log2(fold)=2。對數是啥不用解釋了吧...

其實就是把縱座標縮小了而已,這樣作圖比較容易。比如產物變為1024倍,要是這麼作圖縱座標要畫到1024,想想吧...但是log2(fold)=10,畫起來比較容易。

羅嗦一句,做pcr的話,產物基本都是原來的幾十萬倍....

做熒光定量pcr時,△△ct值是什麼意思,它的計算公式是什麼

4樓:北京索萊寶科技****

△△ct = △ct(試驗樣品) — △ct(基準樣品)△ct(試驗樣品) = ct(試驗樣品,目的基因) — ct(試驗樣品,內參基因)

△ct(基準樣品) = ct(基準樣品,目的基因) — ct(基準樣品,內參基因)

2 -△△ct =2 -(-1.2)= 2.30

實時熒光定量pcr的原理

5樓:匿名使用者

熒光定量pcr原理:隨著pcr反應的進行,pcr反應產物不斷累計,熒光訊號強度也等比例增加。每經過一個迴圈,收集一個熒光強度訊號,這樣我們就可以通過熒光強度變化監測產物量的變化,從而得到一條熒光擴增曲線圖。

熒光定量檢測根據所使用的標記物不同可分為熒光探針(bioghc elitefast sybr kit)和熒光染料(bioghsc super probe kit)

6樓:匿名使用者

所謂的實時熒光定量 pcr 就是 通過對 pcr 擴增反應中每一個迴圈產物熒光訊號的實時檢測從而實現對起始模板定量及定性的分析。其原理是在實時熒光定量 pcr 反應中,引入了一種熒光化學物質,隨著

pcr 反應的進行, pcr 反應產物不斷累計,熒光訊號強度也等比例增加。每經過一個迴圈,收集一個熒光強度訊號,這樣我們就可以通過熒光強度變化監測產物量的變化,從而得到一條熒光擴增曲線圖。

實時定量pcr的結果是怎樣分析的

7樓:小乾乾

1、如果有標準曲線,按照標準曲線計算。

2、一般都是相對量,則用delta delta ct方法來計算。

3、舉例如下:對照組基因a的ct值為20, 內參(比如βactin)ct值15。實驗組基因a ct值18,內參ct值14。

4、首先算加樣量:delta ct=15-14=1。2的1次方是2。

也就是說實驗組的加樣量是對照組的2倍。基因a: delta ct=20-18=2。

2的2次方是4。也就是說基因a的量在實驗組是對照組的4倍。但是由於加樣量是2倍,所以4處以2=2,最後的相對量是2倍。

5、幾點注意:必須確定擴增的特異性,只有相同目標的ct值才能相減(擴增效率有可能不同),2的某次方只是理論值,實際擴增效率低於2,最好不用syber green。

8樓:豆村長de草

實時熒光定量pcr技術是在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。

基線在pcr擴增反應的最初數個迴圈裡,熒光訊號變化不大,接近一條直線,這樣的直線即基線。光域值threshold的設定,一般將pcr反應前15個迴圈的熒光訊號作為熒光本底訊號,熒光域值是pcr3-15個迴圈熒光訊號標準差的10倍,熒光域值設定在pcr擴增的指數期。

融解曲線是用來驗證擴增產物特異性的,如果產物是單一條帶,融解曲線就會出現一尖峰;如果有引物二聚體或其它非特異性擴增,就會出現至少兩個尖峰。

擴充套件資料:

時熒光定量pcr儀real-time qpcr 常見問題分析:

1、無ct值出現

1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法。則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2、ct 值出現過晚(ct>38)

1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3、標準曲線線性關係不佳

1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

9樓:匿名使用者

實時定量pcr的結果是可以和所有核酸結合,沒有特異性。

要保證特異性的話,最好用其他的方法。擴增體系中加入模板dna的體積,比如同時10微升的體系,對照組加1微升dna,實驗組加2微升dna,則實驗組的加樣量是對照組的2倍。

看ct值是分析熒光定量pcr最直觀的一個資料,ct值一般在35左右就失去參考價值了,平時我們實驗室用biodai-pcr熒光定量法測得的擴增曲線的起跳值基本在30左右。

擴充套件資料:

real-time qpcr 常見問題分析:

一、無ct值出現

1、檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集taqman法。

則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號。

2、引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性。

3、模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起。

4、模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

二、ct 值出現過晚(ct>38)

1、擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等。

2、pcr各種反應成分的降解或加樣量不足。

3、pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

三、標準曲線線性關係不佳

1、加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度。

2、標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品。

3、引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針。

4、模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

四、負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

1、引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現。

2、引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比。

3、鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒。

4、模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

五、擴增效率低

1、反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解。

2、反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法。

3、反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

10樓:寵愛認

常見分析角度:

1.無ct值出現

(1)檢測熒光訊號的步驟有誤:一般sg法採用72℃延伸時採集,taqman法則一般在退火結束時或延伸結束採集訊號;

(2)引物或探針降解:可通過page電泳檢測其完整性;

(3)模板量不足:對未知濃度的樣品應從系列稀釋樣本的最高濃度做起;

(4)模板降解:避免樣品製備中雜質的引入及反覆凍融的情況。

2.ct 值出現過晚(ct>38)

(1)擴增效率低:反應條件不夠優化,設計更好的引物或探針、改用三步法 進行反應、適當降低退火溫度、增加鎂離子濃度等;

(2)pcr各種反應成分的降解或加樣量不足,

(3)pcr產物太長:一般採用80-150bp的產物長度。

3.標準曲線線性關係不佳

(1)加樣存在誤差:使得標準品不呈梯度;

(2)標準品出現降解:應避免標準品反覆凍融,或重新制備並稀釋標準品;

(3)引物或探針不佳:重新設計更好的引物和探針;

(4)模板中存在抑制物,或模板濃度過高。

4.負對照有訊號、溶解曲線不止一個主峰

(1)引物設計不夠優化:應避免引物二聚體和髮夾結構的出現;

(2)引物濃度不佳:適當降低引物的濃度,並注意上下游引物的濃度配比;

(3)鎂離子濃度過高:適當降低鎂離子濃度,或選擇更合適的mix 試劑盒;

(4)模板有基因組的汙染:rna提取過程中避免基因組dna 的引入,或通過引物設計避免非特異擴增。

5.擴增效率低

(1)反應試劑中部分成分特別是熒光染料降解;

(2)反應條件不夠優化:可適當降低退火溫度或改為三步擴增法;

(3)反應體系中有pcr反應抑制物:一般是加入模板時所引入,應先把模板適度稀釋,再加入反應體系中,減少抑制物的影響。

實時定量pcr,定義

11樓:匿名使用者

就是能夠定量分析樣品中核算濃度的pcr方法

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魯賢洪子 實時熒光定量pcr技術,是指在pcr反應體系中加入熒光基團,利用熒光訊號積累實時監測整個pcr程序,最後通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。pcr 聚合酶鏈式反應 是利用dna在體外攝氏95 高溫時變性會變成單鏈,低溫 經常是60 c左右 時引物與單鏈按鹼基互補配對的原則結合,再調溫...

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